Buchbesprechung

Hansen, A.: Bioinformatik. Ein Leitfaden fiir Naturwissenschaft- let. 112 S., DM 49,-, sFR 38,-, 6S 358,-. Birkh/~user Verlag, Basel 2001. ISBN 3-7643-6512-9.

In diesem Leitfaden zur Bioinformatik werden die Grundlagen und unterschiedlichen Methoden der Sequenzanalyse in gut les- barer Weise dem Leser n~ihergebracht, ohne dass ein profundes Spezialwissen als Voraussetzung zum Verst~indnis des Textes er- forderlich ist.

Die Zahl der Aminos~iuresequenzen und Nukleotidsequenzen steigt dank st~indig optimierter Sequenzierungstechniken inzwi- schen exponentiell an. Um in diesem extrem grogen Informa- tionsvolumen gezielt nach bekannten und unbekannten, ~ihnlichen und un/ihnlichen Sequenzen zu suchen, als auch fiber Vergleichs- studien Sequenzstrukturen zu erforschen, sind Datenbanken not- wendig. Von diesen gibt es jedoch eine Vielzahl (Genbank, EMBL, DDBJ, SWISS-PROT u. a.), wobei Genbank, EMBL und DDBJ zu den gr6gten prim/iren Datenbanken geh6ren, die in- haltlich und beztiglich ihrer Unterschiede kurz vorgestellt wer- den. Die M6glichkeiten wie eine Sequenz mit denen in einer Datenbank verglichen werden kann (alignment) und die Mage der Obereinstimmung (match) dieser mit denen der Datenbank werden im zweiten Kapitel behandelt. Auf den heuristischen Ansatz zum Sequenzvergleich mittels FASTP (Proteine) und

FASTA (Nukleotide) oder BLAST geht die Autorin im dritten Kapitel ein. Auch multiplen Alignments ist ein eigenes Kapitel gewidment, in dem erst der globale und schlieBlich auch der lokale Ansatz erkl~irt wird. Neben den strukturell motivierten Sequenzanalysen werden diese auch fiir phylogenetische Frage- stellungen benutzt, um evolution~ire Beziehungen zwischen Organismen zu finden. Am Ende dieses umfangreicheren Ab- sclmittes, in dem vor allem auf die Softwaresysteme PHYLIP und MOLPHY eingegangen wird, sind weitere Softwaretools und Webadressen zusammengesteUt. Im letzten Kapitel werden abge- leitete Datenbanken beschrieben, in denen Informationen der prim/iren Datenbanken gefiltert und interpretiert sind. Insbeson- dere Motive von Sequenzen k6nnen in diesen abgeleiteten Da- tenbanken gesucht und quantifiziert werden.

Ein Glossar, Weblinks und ein Literaturverzeichnis sowie ein Stichwortverzeichnis finden sich am Ende dieses Leitfadens und erleichtern die Arbeit mit dem Buch. Man merkt beim Lesen des Buches, dass die Autorin es geschafft hat, ihr in der Praxis in Form von Praktika (,,Angewandte Bioinformatik") gefestigtes Wissen derart zu selektieren und zu pr~isentieren, dass es einem breiten Kreis von an Sequenzanalyse Interessierten bedenkenlos empfohlen werden kann.

Oliver Schmitt, Liibeck

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