hpci共用計算資源について...(skylake-sp, 2.4ghz,20コア)x2 3.072tf 384gib intel omni-path...
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1
HPCI共用計算資源について
文部科学省委託事業「HPCIの運営」代表機関
一般財団法人高度情報科学技術研究機構 神戸センター
令和3年度HPCIシステム利用研究課題募集説明会
(令和2年 10月8日版)
説明内容
HPCI共用計算資源
資源提供機関のハードウェア情報
ソフトウェア情報
HPCI提供資源でのアプリケーションの整備状況
2
ネットワーク基盤︓学術情報ネットワーク(SINET5)を利⽤
(TBD)A64FX
Xeon/EPYC(x86-64)
CPU architecture
ABCI
Cygnus
サブシステムAOBA-A
サブシステムAOBA-B
Grand Chariot
XC40 TSUBAME3.0
ITOサブシステムA
Reedbush-H,L
Oakforest-PACS
HPCI:High Performance Computing Infrastructure
HPCI共用計算資源
KNLKNL
KNLKNL
OCTOPUS KNLKNL
GPUP100
GPUP100
Polaire KNLKNLGPUV100
筑波大学
北海道大学
東北大学
産業技術総合研究所
名古屋大学
大阪大学
京都大学
九州大学
JCAHPC
東京大学
海洋研究開発機構
東京工業大学
ITOサブシステムB
GPUP100
3
Oakbridge-CX
GPUV100
共用ストレージ(西)
理化学研究所
共用ストレージ(東)
GPUP100
FX1000
CX2570 M5
新スパコン(汎⽤CPUノード、ほか)
新スパコン
Vector
富岳
次期地球シミュレータ計算ノードA(仮称)計算ノードB(仮称)
GPUV100
2020年度途中から稼働した計算機・名大「不老」、FX1000は「富岳」互換・東北大AOBA、AOBA-Aはベクトルマシン 2021年度から利用可能な新スパコン
・海洋機構の次期地球シミュレータ・阪大の高性能計算・データ分析基盤シス
テム(仮称)・東大のBDEC (仮称) ベクトルマシンはx86-64ベースで
アクセラレータとしてベクトルエンジンを搭載(東北大、海洋機構)
資源提供機関のハードウェア情報(Xeon/EPYC)
資源提供機関
計算資源名/機種名
システム全体 ノード単体ノード間
ネットワーク演算性能 ノード数 プロセッサ 演算性能 メモリ
九⼤ ITO サブシステムACX2550/CX2560 M4 6.91 PF 2,000
Xeon Gold 6154 (Skylake-SP, 3.0GHz,18コア)x2
3.456TF 192GiBInfiniBandEDR100Gbps
東⼤ Oakbridge-CX 6.61 PF 1,368Xeon Platinum 8280(Cascade Lake,2.7GHz,28コア)x2
4.8384TF 192GiBIntel Omni-Path 100Gbps
北⼤Grand Chariot
サブシステムACX400/CX2550 M4
3.08 PF 1,004Xeon Gold 6148 (Skylake-SP, 2.4GHz,20コア)x2
3.072TF 384GiBIntel Omni-Path
東北⼤ サブシステムAOBA-BLX 406Rz-2 278.5TF 68 EPYC 7702
(2.0GHz,64コア) x2 4.096TF 256GiBInfiniBandHDR 200Gbps
海洋機構次期地球シミュレータ
計算ノードB(仮称)HPE Apollo2000
1.27 PF 720 EPYC 7742(2.2GHz,64コア) x2 4.6 TF 256GiB
InfiniBand HDR200
Xeon
/ EP
YCXe
on/
EPYC
4
資源提供機関のハードウェア情報(Xeon+GPU)
資源提供機関
計算資源名/機種名
システム全体 ノード単体 ノード間ネットワーク演算性能 ノード数 プロセッサ 演算性能 メモリ
東⼯⼤ TSUBAME3.0 12.15 PF 540Xeon E5-2680v4, 2.4GHz(14コア)x2+Tesla P100 x4, NVLink
22.5 TF 256GiBIntel Omni-Path 100Gbps x4
名⼤「不⽼」TypeⅡサブシステム
CX2570 M57.49 PF 221
Xeon Gold 6230, 2.10-3.90 GHz(20コア)x2 +Tesla V100 x4
33.88 TF 384GiBInfiniBand EDR 100 Gbps x2
九⼤ ITO サブシステムB CX2570 M4 3.05 PF 128
Xeon Gold 6140 (Skylake-SP,2.3GHz,18コア)x2+Tesla P100x4, NVLink
23.85TF(2.65TF + 5.3TF*4)
384GiBInfiniBand EDR 4x100 Gbps
筑波⼤ Cygnus(Deneb node) 2.4 PF 80
Xeon Gold 6126 (Skylake-SP,2.6GHz,12コア)x2+Tesla V100x4,PCIe
30TF 192GiBInfiniBand HDR100 4x
東⼤
Reedbush-L 1.43 PF 64Xeon E5-2695v4,(Broadwell-EP, 2.1GHz, 18コア)x2+Tesla P100 x4, NVLink
22.41TF
(1.21TF +5.3TF*4)
256GiBInfiniBand EDR 4x * 2port200Gbps
Reedbush-H 1.42 PF 120Xeon E5-2695v4(Broadwell-EP, 2.1GHz,18コア)x2+Tesla P100 x2, NVLink
11.81TF
(1.21TF +5.3TF*2)
256GiBInfiniBand FDR 4x2リンク56Gbps x2
産総研 ABCI 37.2 PF 1088Xeon Gold 6148
(20コア) x2+Tesla V100 x4
34.19TF 384GiBInfiniBand EDR
Xeon
+GP
U(NV
IDIA
Tes
la)
Xeon
+GP
U(NV
IDIA
Tes
la)
※1
※1 有償利用資源5
資源提供機関のハードウェア情報(Xeon Phi)
資源提供機関
計算資源名/機種名
システム全体 ノード単体ノード間
ネットワーク演算性能 ノード数 プロセッサ 演算性能 メモリ
JCAHPC Oakforest-PACS 25 PF 8,208 Xeon Phi 7250
1.4GHz(68コア) 3.046TFMCDRAM
16GiB+
DDR4 96GiB
Intel Omni-Path100Gbps
京⼤ システムAXC40 5.5 PF 1,800 Xeon Phi 7250
1.4GHz(68コア) 3.046TFMCDRAM
16GiB+
DDR4 96GiB
Aries(Dragonflyトポロジ)インジェクションバンド幅15.75GB/s
北⼤PolaireサブシステムB
CX600/CX1640M1
0.87 PF 288 Xeon Phi 7250 1.4GHz(68コア) 3.046TF
MCDRAM16GiB
+DDR4 96GiB
Intel Omni-Path Xeon
Phi
(KN
L)Xe
on P
hi (
KNL)
6
資源提供機関のハードウェア情報(Xeon+複合)
資源提供機関
計算資源名/機種名
システム全体 ノード単体ノード間
ネットワーク演算性能 ノード数 プロセッサ 演算性能 メモリ
阪⼤
OCTOPUS 1.46 PF 319
InfiniBand EDR 100Gbps
汎⽤CPUノード 471 TF 236 Xeon Gold 6126 (Skylake-SP, 2.6GHz, 12コア) x2 1.997TF 192GiB
GPUノード 858 TF 37Xeon Gold 6126 (Skylake-SP, 2.6GHz, 12コア) x2+Tesla P100(NVLink) x4
23.2TF(1.997TF +
5.3TF*4)192GiB
Xeon Phiノード 117 TF 44 Xeon Phi 7210 (KNL, 1.3GHz, 64コア) x1 2.66TF 192GiB
⼤容量主記憶搭載ノード 16 TF 2
Xeon Platinum 8153(Skylake-SP, 2.0GHz, 16コア) x8
8.192TF 6TiB
Xeon
+ 複
合(G
PU+
KNL)
Xeon
+ 複
合(G
PU+
KNL)
7
資源提供機関のハードウェア情報(SX/<TBD>)
資源提供機関
計算資源名/機種名
シテム全体 ノード単体ノード間
ネットワーク演算性能 ノード数 プロセッサ 演算性能 メモリ
名⼤ 「不⽼」Type IサブシステムFX1000 7.782 PF 2,304 A64FX, 2.2GHz,
48演算コア 3.3792TF 32GiBTofuインターコネクトD
東北⼤ サブシステムAOBA-ASX-Aurora TSUBASA 1.48 PF 72
ベクトルプロセッサ, B401-8(1VH+8VE)
20.675TF 256GiBInfiniBand(HDR 200Gbps×2)
海洋機構次期地球シミュレータ
計算ノードA(仮称)SX-Aurora TSUBASA
14.97 PF 684ベクトルプロセッサ, B401-8(1VH+8VE)
21.9 TF 256GiBInfiniBand HDR200
東⼤ BDEC(仮称)
阪⼤
⾼性能計算・データ分析基盤システム(仮称)
汎⽤CPUノード(仮称)
⾼性能計算・データ分析基盤システム(仮称)スーパーコンピューティングノード(仮称)
<TB
D><
TBD>
X86/
Vec
tor
8
性能情報は未確定
A64F
X
性能情報は未確定
・HPCIに提供されるシステム全体のハードウェア情報を示しています。・提供資源量は、これらの一部であり募集枠によっても異なります。それぞれの募集情報をご参照ください。
性能情報(予定)・ノード数 :1500ノード以上・ノード性能:理論演算性能2TF以上のCPUを2個以上搭載
主記憶容量: 256GB以上
詳細は未確定
9
ソフトウェア情報(1/2)
https://www.hpci‐office.jp/pages/hardware_software?tab=software
各資源提供機関のソフトウェア情報をHPCIポータル「ソフトウェア検索」にて集約して公開しています。
ソフトウェア名による検索 ソフトウェア分類によるソフトウェア情報の絞り込み
特定の計算機資源に限定したソフトウェア情報の絞り込み
過去に利用可能であったソフトウェアと計算機資源の情報を含めた検索
検索機能
各ソフトウェアの概要説明
各ソフトウェアの計算機資源ごとのインストール情報や利用条件等の案内
利用の多いソフトウェアを中心に、関連情報(More information)の案内
各ソフトウェアを利用した課題の利用報告書へのリンク
各ソフトウェアに関する情報の案内
HPCIポータル「ソフトウェア検索」
10
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ソフトウェア情報(2/2)
11
HPCI提供資源でのアプリケーションの整備状況
(1/3)シミュレーションソフトウェア(参考)
ソフトウェア名
理研
「富
岳」
北大
G
ran
d C
hari
ot
北大
P
ola
ire
東北
大
AO
BA
-A
(S
X)
東北
大
AO
BA
-B
(L
X)
筑波
大
Cygn
us
JC
AH
PC
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PA
CS
東大
R
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-H
東大
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東工
大
TS
UB
AM
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F
X1
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名大
C
X2
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京大
C
RA
Y X
C4
0
阪大
O
CT
OP
US
九大
IT
O A
九大
IT
O B
分子動力学 AMBER ○ ○ ○ ○ ○
CHARMM ○ ○
feram ○ ○
GENESIS ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○
GROMACS ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○
LAMMPS ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○
MODYLAS ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○
MyPresto ○ ○
N2P2 ○
NAMD ○ ○ ○ ○ ○ ○
Tinker ○
量子化学 ABINIT-MP ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○
BoltzTrap ○
GAMESS ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○
Gaussian ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○
GRRM ○
Molpro ○ ○
NTChem ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○
NWChem ○
Scigress ○
SMASH ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○
1212
HPCI提供資源でのアプリケーションの整備状況
シミュレーションソフトウェア(参考) (2/3)
ソフトウェア名
理研
「富
岳」
北大
G
ran
d C
hari
ot
北大
P
ola
ire
東北
大
AO
BA
-A
(S
X)
東北
大
AO
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(L
X)
筑波
大
Cygn
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JC
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R
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東大
R
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東大
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東工
大
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F
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0
名大
C
X2
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0
京大
C
RA
Y X
C4
0
阪大
O
CT
OP
US
九大
IT
O A
九大
IT
O B
物性物理 ABINIT ○
AkaiKKR ○ ○
ALPS ○ ○
CP2K ○ ○
HΦ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○
Materials Studio ○
OpenMX ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○
PHASE/0 ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○
Quantum ESPRESSO ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○
SALMON ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○
VASP ○ ○ ○ ○
xTAPP ○ ○
計算生物学 Discovery Studio ○
rDock ○
Relion ○
Schrodinger Small Drug Discovery Suite ○
流体解析 ANSYS Fluent ○
FFV-C ○
FLASH code ○
FrontFlow/blue ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○
FrontFlow/red ○ ○
OpenFOAM ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○
V-FaSTAR ○
1313
HPCI提供資源でのアプリケーションの整備状況
シミュレーションソフトウェア(参考)
※整備状況等の詳細は、各資源、ソフトウェアにより異なります。最新の状況など詳細についてはHPCIポータル「ソフトウェア検索」から参照ください。
(3/3)
ソフトウェア名
理研
「富
岳」
北大
G
ran
d C
hari
ot
北大
P
ola
ire
東北
大
AO
BA
-A
(S
X)
東北
大
AO
BA
-B
(L
X)
筑波
大
Cygn
us
JC
AH
PC
O
akfo
rest-
PA
CS
東大
R
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dbu
sh
-H
東大
R
ee
dbu
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-L
東大
O
akbri
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X
東工
大
TS
UB
AM
E3
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名大
F
X1
00
0
名大
C
X2
57
0
京大
C
RA
Y X
C4
0
阪大
O
CT
OP
US
九大
IT
O A
九大
IT
O B
構造・衝突解析 Abaqus ○
ABAQUS CAE ○
ANSYS Mechanical ○
FrontISTR ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○
LS-DYNA ○ ○
Marc ○ ○ ○
Mentat ○ ○ ○
MSC Dytran ○
MSC Nastran ○ ○ ○
Patran ○ ○ ○
電磁界解析 Meep ○ ○ ○
MW-STUDIO ○
マルチフィジックANSYS Workbench ○
COMSOL Multiphysics ○
Freefem++ ○
HyperWorks ○
粒子系 FDPS ○
GEANT4 ○ ○ ○ ○
気象・気候 WRF ○ ○ ○
ソフトウェア検索:https://www.hpci‐office.jp/pages/hardware_software?tab=software
14
令和3年度HPCIシステム利用研究課題募集説明会
以上
HPCI共用計算資源について
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