edis workshop datenintegration - ulm 01.08.-02.08.2001 a. kroupa / n. hirneisen gültige namen und...

EDIS Workshop Datenintegration - Ulm 01.08.-02.08.2001A. Kroupa / N. Hirneisen

„Gültige Namen“

und ihre Eignung als Fixpunkte

in taxonomischen Datenbankprojekten


eruta

crypta -> triticitritici -> nigrofusca

„Superspecies“ Euxoa tritici


Namenswirrwarr

crypta

nigrofusca

tritici

eruta

biscajana

Detail


Namen sind nicht eindeutig

Namen sind nicht konstant

taxonomische Auffassungen ändern sich über die Zeit und unterscheiden sich bei verschiedenen Autoren

Wiederverwendung von Namen für unterschiedliche Konzepte

>> Zuordung namensbasierter Daten (Ökologie, Verbreitung ...) schwierig. Beispiel Checklisten

Probleme


Kommunikation unter Taxonomen

siehe http://www.gbif.org


Das Drei-Ebenen-Modell

siehe http://www.gbif.org


R1. PT1 und PT2 sind kongruentPT1 PT2 x PT1 x PT2

R2. PT1 ist enthalten in PT2 PT1 PT2 x PT1 x PT2, y PT2 | y PT1

R3. PT1 enthält PT2PT1 PT2 x PT2 x PT1, y PT1 | y PT2

R4. PT1 und PT2 überlappen sichPT1 PT2 x PT1 | x PT2, y PT2 | yPT1,z PT1 | z PT2

R5. PT1 und PT2 sind disjunkt PT1 ! PT2 x PT1 x PT2

siehe Moretax auf http://www.bgbm.org/BioDivInf/Projects/MoreTax/standard_liste_de.htm

Grundlegende logische Beziehungen zwischen den beidentaxonomischen Konzepten PT1 und PT2


Namen alleine reichen nicht aus, um ein Taxon eindeutig zu identifizieren

Namen, Taxa und Evidenzen (Instances) stellen die drei Schichten einer umfassenden Taxonbetrachtung dar

die Verbindung zwischen den Schichten erfolgt durch die Zu-weisung von Namen zu Evidenzen – damit wird ein taxonomisches Konzept umschrieben. Dies geschieht in einer Publikation

Die Wertung der Beziehung verschiedener taxonomischer Konzepte zueinander ist eine taxonomische Sicht

Verteilte Datenbanken werden möglich, da stabile Referenz durch Name + Publikation gegeben

Fazit


EDIS homepage: http://www.insects-online.de

EDIS Web-Prototyp: http://www.s2you.com/edis/

EDIS Supportpage: http://www.vim.de/edis/

Moretax-Projekt: http://www.bgbm.org/BioDivInf/Projects/MoreTax/

Nomencurator: http://www.gbif.org/ytowlecture/

Internetadressen


Beispiel für ein gültiges XML-Dokument:

<?xml version=“1.0“ encoding=“ISO-8859-1“?><!DOCTYPE adressen SYSTEM "adressen.dtd"><adressen>

<datensatz><nachname>Mayer</nachname><vorname>Susanne</vorname><ort>Bayreuth</ort>

</datensatz><datensatz>

<nachname>Schulze</nachname><vorname>Hugo</vorname><ort>Ulm</ort>

</datensatz></adressen>


Beispiel für ein gültiges XML-Dokument:

<?xml version=“1.0“ encoding=“ISO-8859-1“?><!DOCTYPE adressen SYSTEM "adressen.dtd"><adressen>

<datensatz><nachname>Mayer</nachname><vorname>Susanne</vorname><ort>Bayreuth</ort>

</datensatz><datensatz>

<nachname>Schulze</nachname><vorname>Hugo</vorname><ort>Ulm</ort>

</datensatz></adressen>

XML-Deklaration


sie sind die Grammatik eines XML-Dokumentes

legen fest welche Elemente im XML-Dokument vorkommen dürfen/müssen, in welcher Reihenfolge bestimmte Elemente auftreten müssen und welche Attribute die Elemente besitzen dürfen/müssen

diese Regeln kann ein Programm zur Prüfung eines XML-Dokumentes verwenden und dem Autor Fehler anzeigen


Beispiel für eine DTD:

<?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1"?><!ELEMENT adresse (datensatz)+><!ELEMENT datensatz (nachname, vorname?, ort?)><!ELEMENT nachname (#PCDATA)><!ELEMENT vorname (#PCDATA)><!ELEMENT ort (#PCDATA)>


Beispiel für ein Schema:

<?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1"?><xs:schema xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema">

<xs:element name="adresse"><xs:complexType>

<xs:sequence maxOccurs="unbounded"><xs:element ref="datensatz"/>

</xs:sequence></xs:complexType>

</xs:element><xs:element name="datensatz">

<xs:complexType><xs:sequence>

<xs:element ref="nachname"/><xs:element ref="vorname" minOccurs="0"/><xs:element ref="ort" minOccurs="0"/>

</xs:sequence></xs:complexType>

</xs:element><xs:element name="nachname" type="xs:string"/><xs:element name="ort" type="xs:string"/><xs:element name="vorname" type="xs:string"/>

</xs:schema>


Produkt Epc Edit 1.01Professional

Webwriter 1.6 X-Metal 2.1 XML Editor1.1.1a

XML Pro 2.0 XML Spy 4.0 XML Writer 1.21

Unterstützte Standards

XML/SGML/HTML +/+/+ +/0/+ +/+/+ +/0/0 +/0/0 +/0/+ +/0/+

DTD/XML-Schema +/0 +/0 +/0 +/0 +/0 +/+ +/+

XSL/CSS 0/0 0/+ 0/+ 0/+ 0/0 +/+ +/+

Xlink/Xpath 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 +/+ 0/0

Ansichten

Quellcode + + + + + + +

Baum + + + + + + +

Struktur + + + + + + +

Tabelle + + 0 0 0 + 0

Vorschau + 0 + + 0 + +

DTD/Schema-Entwicklung

Unterstützte DTDs/Schemata DTD DTD DTD DTD DTD DTD, DCD,XDR,XSD

DTD, XSD

Erzeugen von XML-Dokument 0 + + + 0 + 0

Editieren 0 + + + + + +

Validieren + + + + + + +

Konvertieren 0 0 0 0 0 + 0

Visueller Schema-Editior 0 0 0 0 0 + +

XSL

Editing 0 0 0 0 0 + +

Transformation 0 0 0 + 0 + +

Zuweisen 0 0 0 0 0 + +

Vorschau 0 0 0 0 0 0 +

Preis 450 Euro 110 DM 1160 DM 320 DM 320 DM 430 DM 86 DM

edis workshop datenintegration - ulm 01.08.-02.08.2001 a. kroupa / n. hirneisen gültige namen und...

Documents