klinik für psychiatie einführung in die jenabatch - toolbox matthias bolz friedrich schiller...
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Klinik für PsychiatieKlinik für Psychiatie
Einführung in die JenaBatch - ToolboxEinführung in die JenaBatch - Toolbox
Matthias BolzMatthias Bolz
Friedrich Schiller Universität JenaFriedrich Schiller Universität Jena
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InhaltInhalt
1.1. Scripts zur seriellen Scripts zur seriellen DatenverarbeitungDatenverarbeitung
2.2. Tools für GruppenauswertungenTools für Gruppenauswertungen3.3. Module zur DatenextraktionModule zur Datenextraktion4.4. Weitere ToolsWeitere Tools
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WICHTIGWICHTIG
Die JenaBatch-Scripts stellen Die JenaBatch-Scripts stellen keinekeine vollständig ausgereiften Programm-vollständig ausgereiften Programm-module zur Verfügung sondern module zur Verfügung sondern höchstens Programmcode im alpha-höchstens Programmcode im alpha-Stadium.Stadium.Die automatisiert ausgeführten Die automatisiert ausgeführten Verarbeitunsschritte sollten in jedem Verarbeitunsschritte sollten in jedem Fall auf Korrektheit kontrolliert werden.Fall auf Korrektheit kontrolliert werden.
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Serielle DatenverarbeitungSerielle Datenverarbeitung
PreprocessingPreprocessing StatistikStatistik ErgebinssdarstellungErgebinssdarstellung
Slice TimingSlice Timing
RealignmentRealignment
NormalisierungNormalisierung
SmoothingSmoothing
Stat. ModelleStat. Modelle
(single Subjekt)(single Subjekt)
Kontraste def.Kontraste def.
MIP‘sMIP‘s
RenderingsRenderings
TabellenTabellen
jbt_preprocess.mjbt_preprocess.m jbt_statistics.mjbt_statistics.m
Jbt_contrasts.mJbt_contrasts.m
jbt_printR.mjbt_printR.m
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Notwendige DatenstrukturNotwendige Datenstruktur
experimentexperiment/prob1/prob1/prob2/prob2
/run01/run01/run02/run02
....../RESULTS/RESULTS/LOG/LOG
sternb_Lsternb_L/mabo77/mabo77/löro80/löro80
/run01/run01/run02/run02
/RESULTS/RESULTS/mabo77/mabo77/löro80/löro80
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jbt_preprocessjbt_preprocess
Aufruf aus:Aufruf aus: JenaBatch ToolboxJenaBatch ToolboxParameter:Parameter: parameterscript notwendigparameterscript notwendig
Funktion:Funktion: führt ein Preprozessing für führt ein Preprozessing für mehrere Probanden durch, mehrere Probanden durch, Prob.verz. können angewählt Prob.verz. können angewählt werden.werden.
Ausgabe:Ausgabe: Logfiles im ./LOG-VerzeichnisLogfiles im ./LOG-Verzeichnis
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jbt_preprocess - Beispieljbt_preprocess - Beispiel%% Picture Subdirectories%% Picture Subdirectoriessp_subdirs = ['run01';'run02'];sp_subdirs = ['run01';'run02'];
%% Source Pictures%% Source Picturessp_pics = ['f*'];sp_pics = ['f*']; % ohne Endung !!! % ohne Endung !!!
%% SLICE TIMING ----------------------%% SLICE TIMING ----------------------%% do slice-timing ???%% do slice-timing ???%% 0 = no, thanks0 = no, thanks%% 1 = yes1 = yessp_ST = [1];sp_ST = [1];
%% slice acquisition order%% slice acquisition order%% 1 = asc1 = asc%% 2 = desc2 = desc%% 3 = interl3 = interl%% 4 = user4 = usersp_ST_seq = [2];sp_ST_seq = [2];
......
%% TA - acquisition time (time between start of acq of first%% TA - acquisition time (time between start of acq of first% slice and the end of acq of the % slice and the end of acq of the last slice)last slice)sp_ST_TA = [1921] ;sp_ST_TA = [1921] ;
%% Generate a archive of source pictures%% Generate a archive of source picturessp_ST_tar = [0];sp_ST_tar = [0];
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jbt_statisticsjbt_statistics
Aufruf aus:Aufruf aus: JenaBatch ToolboxJenaBatch ToolboxParameter:Parameter: parameterscript notwendigparameterscript notwendig
Funktion:Funktion: führt ein Single-Subject Analyse führt ein Single-Subject Analyse für mehrere Probanden durch, für mehrere Probanden durch, Prob.verz. können angewählt Prob.verz. können angewählt werden.werden.
Ausgabe:Ausgabe: Logfiles im ./LOG-VerzeichnisLogfiles im ./LOG-Verzeichnis
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jbt_statistics - Beispieljbt_statistics - Beispielsp_subj_repl = 1;sp_subj_repl = 1;
%% Session Subdirectories%% Session Subdirectoriessp_subdirs = ['run01';'run02'];sp_subdirs = ['run01';'run02'];
%% Pictures filemask%% Pictures filemasksp_pics = ['sn*.img'];sp_pics = ['sn*.img'];
onset{1}=onset{1}= [[ 0.230.23 14.3414.34 28.4628.46;...;...1.371.37 15.7115.71 30.28;...30.28;...5.945.94 20.2820.28 34.85];34.85];
durations{1}= [durations{1}= [ 1.141.14 1.371.37 1.83;...1.83;...4.574.57 4.574.57 4.57;...4.57;...1.371.37 1.371.37 1.37];1.37];
onset{2}= onset{2}= [[ 0.80.8 14.4614.46 28.23;...28.23;...2.172.17 15.615.6 30.74;...30.74;...6.746.74 20.1720.17 35.31];35.31];
durations{2}=durations{2}= [[ 1.371.37 1.141.14 2.51;...2.51;...4.574.57 4.574.57 4.57;...4.57;...1.371.37 1.371.37 1.37];1.37];
sp_length{1} = [];sp_length{1} = [];sp_length{2} = [];sp_length{2} = [];
onsetnames = str2mat('for‚'mai','ret');onsetnames = str2mat('for‚'mai','ret');
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jbt_contrastsjbt_contrasts
Aufruf aus:Aufruf aus: JenaBatch ToolboxJenaBatch ToolboxParameter:Parameter: parameterscript notwendigparameterscript notwendig
Funktion:Funktion: Definiert bei allen Probanden die Definiert bei allen Probanden die gegebenen Kontrastegegebenen Kontraste
Ausgabe:Ausgabe: keinekeineBemerkungen:Bemerkungen: sessions müssen gleich aufgebaut sessions müssen gleich aufgebaut
sein !!!sein !!!
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jbt_statistics - Beispieljbt_statistics - Beispiel
%% Contrast Names%% Contrast Names% matrix containing the string names of the contrasts% matrix containing the string names of the contrastssp_C_names = str2mat('enc','mai','ret');sp_C_names = str2mat('enc','mai','ret');
%% Contrast Values%% Contrast Values% matrix with the values for each defined contrast% matrix with the values for each defined contrast% (one session)% (one session)sp_C_val = [sp_C_val = [ 1 0 0 ;...1 0 0 ;...
0 1 0 ;...0 1 0 ;...0 0 1 ];0 0 1 ];
%% Number of Sessions%% Number of Sessionssp_C_sess = [2];sp_C_sess = [2];
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jbt_printRjbt_printR
Aufruf aus:Aufruf aus: JenaBatch ToolboxJenaBatch ToolboxParameter:Parameter: Menüauswahl möglichMenüauswahl möglichFunktion:Funktion: Druckt die Ergebnisse von Single-Druckt die Ergebnisse von Single-
Subject Analysen in ein PS- oder Subject Analysen in ein PS- oder TIF-File, mehrere Probanden, TIF-File, mehrere Probanden, mehrere Kontraste, Renderings, mehrere Kontraste, Renderings, TabellenTabellen
Ausgabe:Ausgabe: PS,TIF,CVSPS,TIF,CVSBemerkungen:Bemerkungen: abweichende colormap muss als abweichende colormap muss als
Matritze im Speicher vorliegen, Matritze im Speicher vorliegen, Tabellen sind semikolon-getrenntTabellen sind semikolon-getrennt
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PraxisPraxis
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GruppenauswertungenGruppenauswertungen
Fixed EffectsFixed Effects• jbt_fixedeffectsjbt_fixedeffects
Random EffectsRandom Effects• spm_spm_ui von Christian Gaserspm_spm_ui von Christian Gaser
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jbt_fixedeffectsjbt_fixedeffects
Aufruf aus:Aufruf aus: JenaBatch ToolboxJenaBatch ToolboxParameter:Parameter: parameterscript von Single-parameterscript von Single-
Subject Analyse kann verwendet Subject Analyse kann verwendet werden!werden!
Funktion:Funktion: Berechnet ein fixed-effects-Modell Berechnet ein fixed-effects-Modell für die angegebenen Probandenfür die angegebenen Probanden
Bemerkungen:Bemerkungen: wenn die onsets jeweils gleich wenn die onsets jeweils gleich sind muss sind muss sp_subj_repl = 1 sp_subj_repl = 1 sein. sein. Ansonsten müssen die onset-Matritzen Ansonsten müssen die onset-Matritzen hinreichend gross sein.hinreichend gross sein.
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Module zur DatenextraktionModule zur Datenextraktion
• jbt_savetab jbt_savetab • jbt_reglistjbt_reglist
• jbt_Get_timecurvejbt_Get_timecurve• jbt_Get_betasjbt_Get_betas
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dat - filesdat - filesTest.datTest.dat
% X ; Y ; Z; Region% X ; Y ; Z; Region
42; -69; -45; Right Cerebellum 42; -69; -45; Right Cerebellum -45; -57; -27; Left Cerebellum -45; -57; -27; Left Cerebellum -15; -15; 6; Left Cerebrum Thalamus -15; -15; 6; Left Cerebrum Thalamus -6; -69; 57; Left Cerebrum Brodmann area 7-6; -69; 57; Left Cerebrum Brodmann area 7-51; 18; 27; Left Cerebrum Brodmann area 9-51; 18; 27; Left Cerebrum Brodmann area 9-48; -54; 39; Left Cerebrum Brodmann area 40-48; -54; 39; Left Cerebrum Brodmann area 40-54; 15; 18; Left Cerebrum Brodmann area 44-54; 15; 18; Left Cerebrum Brodmann area 44-51; 18; 18; Left Cerebrum Brodmann area 45-51; 18; 18; Left Cerebrum Brodmann area 45-51; 21; 27; Left Cerebrum Brodmann area 46-51; 21; 27; Left Cerebrum Brodmann area 46-42; 39; -6; Left Cerebrum Brodmann area 47-42; 39; -6; Left Cerebrum Brodmann area 47 24; -27; 6; Right Cerebrum Thalamus 24; -27; 6; Right Cerebrum Thalamus 6; -69; 57; Right Cerebrum Brodmann area 76; -69; 57; Right Cerebrum Brodmann area 7 45; 18; 39; Right Cerebrum Brodmann area 945; 18; 39; Right Cerebrum Brodmann area 9 51; 15; 12; Right Cerebrum Brodmann area 4451; 15; 12; Right Cerebrum Brodmann area 44 54; 21; 12; Right Cerebrum Brodmann area 4554; 21; 12; Right Cerebrum Brodmann area 45 42; 39; 24; Right Cerebrum Brodmann area 4642; 39; 24; Right Cerebrum Brodmann area 46 54; 18; -3; Right Cerebrum Brodmann area 4754; 18; -3; Right Cerebrum Brodmann area 47
![Page 18: Klinik für Psychiatie Einführung in die JenaBatch - Toolbox Matthias Bolz Friedrich Schiller Universität Jena](https://reader034.vdokument.com/reader034/viewer/2022042610/570491c61a28ab14218daecf/html5/thumbnails/18.jpg)
jbt_savetabjbt_savetab
Aufruf aus:Aufruf aus: dargestelltem Ergebnisdargestelltem ErgebnisParameter:Parameter: keinekeine
Funktion:Funktion: speichert die Aktivierungstabelle speichert die Aktivierungstabelle und bestimmt die Lokalisation der und bestimmt die Lokalisation der Koordinaten mit dem Talairach - Koordinaten mit dem Talairach - DaemonDaemon
Ausgabe:Ausgabe: CVS-FileCVS-File
![Page 19: Klinik für Psychiatie Einführung in die JenaBatch - Toolbox Matthias Bolz Friedrich Schiller Universität Jena](https://reader034.vdokument.com/reader034/viewer/2022042610/570491c61a28ab14218daecf/html5/thumbnails/19.jpg)
jbt_reglistjbt_reglist
Aufruf aus:Aufruf aus: dargestelltem Ergebnisdargestelltem ErgebnisParameter:Parameter: jbt_reglist(output,SPM)jbt_reglist(output,SPM)
1: als matrix mit koordinaten T-Wert und 1: als matrix mit koordinaten T-Wert und BezeichnungBezeichnung2: als file (csv) mit koordinaten T-Wert und 2: als file (csv) mit koordinaten T-Wert und BezeichnungBezeichnung7: als dat-file zur Verwendung in der 7: als dat-file zur Verwendung in der ZeitreihenextraktionZeitreihenextraktion
Funktion:Funktion: sucht in definierten Talairach-sucht in definierten Talairach-Regionen nach Aktivierungs-Regionen nach Aktivierungs-maximamaxima
Ausgabe:Ausgabe: CVS-FileCVS-File
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jbt_Get_timecurvejbt_Get_timecurve
Aufruf aus:Aufruf aus: dargestelltem Ergebnisdargestelltem ErgebnisParameter:Parameter: dat-file mit Koordinatendat-file mit Koordinaten
Funktion:Funktion: extrahiert aus den angegeben extrahiert aus den angegeben koordinaten die Zeitreihen sofern koordinaten die Zeitreihen sofern diese in der Y.mad verfügbar sinddiese in der Y.mad verfügbar sind
Ausgabe:Ausgabe: wk1-Tabellewk1-Tabelle
![Page 21: Klinik für Psychiatie Einführung in die JenaBatch - Toolbox Matthias Bolz Friedrich Schiller Universität Jena](https://reader034.vdokument.com/reader034/viewer/2022042610/570491c61a28ab14218daecf/html5/thumbnails/21.jpg)
jbt_Get_betasjbt_Get_betas
Aufruf aus:Aufruf aus: dargestelltem Ergebnisdargestelltem ErgebnisParameter:Parameter: dat-file mit Regionsinformationendat-file mit Regionsinformationen
Funktion:Funktion: speichert einen Average der Beta-speichert einen Average der Beta-Schätzer einer Sphere um die Schätzer einer Sphere um die angegebenen Regionenangegebenen Regionen
Ausgabe:Ausgabe: wk1-Tabellewk1-Tabelle
![Page 22: Klinik für Psychiatie Einführung in die JenaBatch - Toolbox Matthias Bolz Friedrich Schiller Universität Jena](https://reader034.vdokument.com/reader034/viewer/2022042610/570491c61a28ab14218daecf/html5/thumbnails/22.jpg)
Weitere ToolsWeitere Tools
• jbt_collectjbt_collect• jbt_labeljbt_label• jbt_latencymapsjbt_latencymaps• jbt_logconvertjbt_logconvert
![Page 23: Klinik für Psychiatie Einführung in die JenaBatch - Toolbox Matthias Bolz Friedrich Schiller Universität Jena](https://reader034.vdokument.com/reader034/viewer/2022042610/570491c61a28ab14218daecf/html5/thumbnails/23.jpg)
Weitere InfosWeitere Infos
• Hilfe in Matlab teilweise mit:Hilfe in Matlab teilweise mit: help Behehlhelp Behehl
• Sourcecode der scripts in:Sourcecode der scripts in:/gemeinsam/toolbox/JenaBatch/gemeinsam/toolbox/JenaBatch
• Beispiele unter:Beispiele unter:/gemeinsam/toolbox/JenaBatch/examples/gemeinsam/toolbox/JenaBatch/examples
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Praxis ???Praxis ???